Hari Selasa merupakan hari kedua pelaksanaan MPLS SMAN 1 Raja Ampat. Kegiatan pada hari ini terlaksana sesuai dengan agenda dalam rundown acara. Ada dua jenis kegiatan yang dilakoni oleh peserta. Yang pertama penyajian materi terpusat dan non terpusat (dalam ruang masing-masing). Kegiatan non terpusat (atau dalam ruang masing-masing) berjalan sebagaimana hari pertama. Peserta didik menerima materi dalam ruang yang terdiri dari 11 ruang. Selain itu, ada juga kegiatan yang terpusat.

Kegiatan terpusat terdiri dari dua kegiatan. Yang pertama kegiatan dari kesehatan. Materi yang disajikan adalah dampak pergaulan bebas terhadap kesehatan. Pematerinya adalah dr. Yohanis Mambrasar. Dalam penyajiaannya Yohanis Mambrasar menyampaikan berbagai dampak negatif yang diakibatkan dari pergaulan bebas. Pak dokter meminta agar peserta didik dapat menghidarkan diri dari pergaulan bebas yang dapat menghancurkan masa depan para peserta didik.

Selain dari kesehatan, kegiatan terpusat lainnya (kedua) adalah pembinaan kerohaniaan. Pada kegiatan ini, peseta dibagi dalam dua kelompok berdasarkan agama mereka masing-masing. Menurut data panitia, peserta didik baru yang berjumlah 328 jika diklasifikasikan berdasarkan agama, maka yang beragama Islam sebanyak 127 orang, kristen protestan sebanyak 191 orang, kristen katolik sebanyak 8 orang dan adven sebanyak 2 orang.

Peserta yang beragama Islam melakukan bimbingan kerohanian di sekretariat bersama Babussalam Klanafat atau yang biasa dikenal dengan kantor bersama MUI, PHBI dan LPTQ. Pengurus MUI menfasilitasi kegiatan kerohaniaan Islam dengan aula dan kelengkapan lainnya. Yang menjadi pemateri untuk peserta muslim adalah ibu Nur Asia Abdullah, S.Pd.I. beliau menyajikan materi tentang pergaulan ditengah keberagaman.

Secara bersamaan, namun di tempat yang terpisah, tepatnya di ruang lobi SMAN 1 Raja Ampat Peserta yang beragama kristen juga melakukan bimbingan kerohaniaan. Yang manjadi pemateri adalah bapak Semuel Julius Mofu, S.Th., M.MPd. Dalam kegiatan bimbingan rohani, pak Mofu melakukan ibadah perdana dengan peserta didik yang beragama kristen. Dalam kegiatan ibadah tersebut juga dirangkaikan dengan pemberian tanda kasih kepada peserta didik yang yatim piatu. Hal ini dimaksudkan selain membantu kepada yang membutuhkan juga menanamkan gemar berbagi terhadap sesama kepada peserta didik baru.

Kegiatan kerohaniaan ini sangat penting bagi para peserta didik. Selain merupakan salah satu dari tiga unsur penilaian yang tidak terpisahkan antara apektif, kognitif dan psikomotorik juga memperkenalkan kepada peserta didik bawah di SMAN 1 Raja Ampat kegiatan kerohaniaannya juga sangat aktif.

Untuk yang beragama Islam, maka ROHIS (Rohani Islam) memiliki berbagai program, seperti pengajian rutin setiap pekan, GAHARU (Gerakan Khatam Qur’an), pelaksanaan hari-hari besar Islam dan lain-lain. Sementara yang beraga Kristen ROKRIS (Rohani Kristen) juga memiliki berbagai program seperti ibadah mingguan, kunjungan ke tempat-tempat ibadah, kemah rohani dan lain-lain.

Setelah kegiatan keagamaan berakhir, maka kegiatan MPLS hari kedua ditutup dengan apel siang yang dipandu oleh panitia bersama pengurus OSIS. Panitia dan OSIS memastikan seluruh peserta yang mengikuti MPLS tidak mengalami kekurangan atau kendala apapun selama pelaksanaan hari kedua.