Pada awalnya berdasarkan keteranganS surat ahli biologi Abner kepada Gubernur Jenderal G.A.G. Ph. van der Capellen, Kebun Raya Bogor didirikan pada 18 Mei 1817. Saat baru didirikan, Kebun tersebut diberi nama Lands Plantentuin te Buitenzorg yang berarti Kebun Raya di Tanah Buitenzorg (Bogor).

Sebagaimanzpa diketahhi bahwa pendirian Kebun Raya Bogor dipimpin oleh ahli biologi Jerman, Reinwardt, dengan bantuan dari James Hooper dan W. Kent yang mengelola Kebun Botani Kew di Richmond, Inggris. Dan hal itu juga tertulis dalam prasasti Batutulis, Kebun Raya Bogor awalnya merupakan hutan buatan atausamida dari Kerajaan Sunda saat masa pemerintahan Prabu Siliwangi.

Berdasarkan hal ittu maka hutan buatan tersebut dibangun dengan tujuan untuk melestarikan sekaligus memelihara tumbuhan, pepohonan, serta benih-benih kayu yang langka. Setelah Kerajaan Sunda ditaklukan oleh Kesultanan Banten, hutan tersebut dibiarkan begitu saja hingga Gubernur Jenderal Thomas Stamford Raffles membangun rumah singgah di sudut hutan.

Dan pada akhir abad ke-18, Gubernur Jenderal Trkanhomas Stamford Raffles yang mendiami Istana Bogor tertarik untuk menyulap halaman tersebut menjadi sebuah kebun yang cantik. Dan pada akhirnya Raffles mengubah halaman istana menjadi taman bergaya Inggris klasik dengan bantuan ahli botani W. Kent. Ketika istrinya meninggal dunia pada 1814, Ternyata Gubernur Jenderal Thomas Stamford Raffles mendirikan sebuah monumen untuk sang istri di Kebun Raya Bogor yang dikenal sebagai Tugu Lady Raffles.