Dalam proses sintesis protein, pasangan kode pada DNA berperan penting dalam menentukan urutan asam amino yang akan membentuk protein. Proses ini terjadi dalam dua tahap utama: transkripsi dan translasi.

Transkripsi: DNA diubah menjadi mRNA (messenger RNA). Setiap pasang basa pada DNA (A-T dan G-C) akan dipasangkan dengan basa RNA yang sesuai: A dengan U (urasil), T dengan A, G dengan C, dan C dengan G. Misalnya, jika urutan DNA adalah "ATCG", maka urutan RNA yang dihasilkan adalah "UAGC".

Translasi: mRNA yang telah disalin dari DNA akan diterjemahkan menjadi urutan asam amino di ribosom. Setiap tiga basa (kodon) pada mRNA mengkode satu asam amino tertentu. Misalnya, kodon "AUG" mengkode metionin, yang juga berfungsi sebagai sinyal awal untuk memulai sintesis protein.

Dengan cara ini, urutan pasangan basa DNA akhirnya menentukan urutan asam amino dalam protein yang dihasilkan.