Keluarnya Surat Edaran dari Kementerian Agama Kabupaten Agam tentang perpanjangan WFH yang awalnya WFH dilaksanakan 50% dari jumlah guru dan pegawai yang ada di instansi tersebut di mulai sejak tanggal 14 – 30 September 2020. Keluarnya Surat Edaran yang diperpanjang sampai tanggal 16 Oktober 2020. Isi dari Surat Edaran seluruh guru wajib melaksanakan proses pembelajaran dengan maksimal walaupun proses pembelajaran di laksanakan di rumah saja. MTsN 12 Agam sudah melaksanakan proses pembelajaran dari rumah untuk kehadiran guru 50%.

Kegiatan sekolah mulai dari bulan September sampai oktober pelaksanaan penilaian tengah semester. Kegiatan penilaian tengah semester yang dirancang oleh sekolah mulai dari tanggal 05 sampai 10 Oktober 2020. Jadwal yang dirancang siswa melaksanakan ujian setiap hari maksimal 3 mata pelajaran. Penilaian tengah semester dilaksanakan dalam bentuk online menggunakan geole form. Teknis penilaian tengah semester dimulai dari pukul 07.20 sampai pukul 12.00, setiap jam 07.20 link sudah dibagikan oleh wakil kurikulum ke wali kelas sedangkan wali kelas melanjutkan ke group kelas masing-masing.

Penilaian tengah semester nilainya sangat berperan untuk ketercapaian nilai semester ganjil. Penilaian tengah semester mempengargui 30% dari nilai rapor semester ganjil. Syarat mengikuti penilaian tengah semester adalah siswa telah mengumpulkan seluruh tugas yang diberikan oleh guru selama belajar dari rumah. Bagi siswa yang belum mendapat nomor ujian karena tugas belum lengkap maka siswa diberi waktu untuk melengkapi sampai hari sabtu. Jika sampai sabtu belum dikumpulkan tugasnya maka siswa tersebut tidak diizinkan untuk mengikuti penilaian tengah semester.