Sebagaimana diketahui heboh berita di media massa mengenai isu dihapusnya frasa agama dalam draf peta jalan pendidikan. Hal ini ditanggapi keras masyarakat bahwa mereka tidak setuju bila tidak dicantumkan frasa agama dalam draf tersebut. Haedar Nashir (Ketua Umum PP Muhammadiyah) mempertanyakan hilangnya absennya frasa agama pada draf Peta Jalan Pendidikan 2020-2035. Dia bahkan berpendapat hilangnya frasa “agama” merupakan bentuk melawan Konstitusi (inkonstitusional) sebab merunut pada hierarki hukum, produk turunan kebijakan seperti itu tidak boleh menyelisihi peraturan di atasnya yaitu Peraturan Pemerintah, UU Sisdiknas, UUD 1945 dan puncaknya adalah Pancasila. Syaikhu dari Fraksi PKS juga berpendapat bahwa hilangnya frasa agama di draf sebagai sesuatu yang dibuat dengan tidak sesuai visi ketuhanan sebagaimana yang diwariskan para pendiri bangsa.

Walaupun setelah polemik ini Mas Menteri Nadiem Anwar Makarim mengaku bahwa ia tidak menyangka akan terjadi polemik di masyarakat. Dia menjelaskan bahwa agama dan Pancasila sangat penting untuk pendidikan bangsa. Selain itu berpendapat bahwa kompetensi yang penting pada abad 21 ini adalah membangun profil pelajar Pancasila sebagai SDM Unggul. Pembangunan itu dirancang tidak hanya mengembangkan kemampuan kognitif saja namun juga afektif dan spiritual yaitu pelajar yang beriman bertakwa kepada Tuhan Yang Maha Esa, dan berakhlak mulia”.

Jumeri, Direktur Jenderal PAUD, Pendidikan Dasar dan Menengah (PAUD Dikdasmen) Kemdikbud mengatakan bahwa peta jalan pendidikan ini masih dimatangkan oleh Kemendikbud dengan memperhatikan masukan dari berbagai pihak. Sedangkan perkembangan dari penyusunannya akan terus disampaikan ke berbagai kalangan demi penyempurnaannya.

Pada perkembangannya pada saat Komisi X DPR RI menggelar rapat secara fisik dan virtual di ruang rapat Komisi X DPS, Kompleks Parlemen, Senayan (10/3), ketua Komisi X DPR berpendapat dokumen peta jalan belum dapat dikatakan sebagai konsep, melainkan pada tahap sebelum konsep. Dia juga menanggapi draf itu belum sesuai alinea 4 UUD ’45, serta pasal 31-32 UUD RI dan harus berlandaskan nilai-nilai agama hingga tradisi budaya Nusantara.

Nadiem menanggapi rekomendasi dari panja Komisi X untuk kemudian mereka kaji dan terus disempurnakan lagi. Dia juga menanggapi bahwa isu rencana menghilangkan pelajaran agama adalah merupakan hal yang tidak pernah ada dan tidak perlu khawatir lagi.