Peranan dokter hewan pemerintahan daerah yang jarang diketahui adalah, ia bisa menjadi kepala Pusat Kesehatan Hewan. Walakin ini sangat tergantung pada Kepala Daerah, kesempatan terbuka ini telah dituangkan dalam aturan khususnya pada Permentan No. 64 Tahun 2007 tentang Pedoman Pelayanan Pusat Kesehatan Hewan, yakni Puskeswan dipimpin oleh seorang Kepala yang mempunyai latar belakang pendidikan dan berijazah dokter hewan.

Sementara itu, tugas kepala puskeswan secara umum adalah Memimpin dan membina Puskeswan dalam pelaksanaan tugas yang ditetapkan sesuai dengan peraturan perundang-undangan yang berlaku dan atau kebijakan pemerintah daerah; membantu Kepala Dinas untuk menyiapkan kebijakan umum daerah di bidang pelayanan Pusat Kesehatan Hewan (Puskeswan); Membantu Kepala Dinas untuk menetapkan kebijakan teknis di bidang Pusat Kesehatan Hewan (Puskeswan) di daerah yang menjadi tanggung jawabnya sesuai dengan kebijakan umum yang ditetapkan oleh Bupati; Melakukan pembinaan, monitoring, evaluasi dan pengawasan terhadap seluruh personil Puskeswan; Melakukan kerjasama dengan instansi dan organisasi lain yang menyangkut bidang Pusat Kesehatan Hewan (Puskeswan) di daerah dengan persetujuan Kepala Dinas; dan Melaksanakan tugas-tugas kedinasan lainnya yang diberikan oleh Kepala Dinas sesuai dengan tugas pokok dan fungsinya.