Bangga memiliki madrasah yang dilengkapi dengan tempat ibadah yang memadai. Saat ini MTs Negeri 1 Batam telah memiliki masjid yang cukup luas. Ukuran luasnya yang ± 500 m2, mampu menampung jama’ah sekitar 750 orang ketika sholat berjama’ah. Namun ketika tidak dalam posisi sholat berjama’ah, masjid yang diberi nama “Masjid Baitul Ilmi” ini mampu menampung 1.000 orang. Kegiatan yang melibatkan banyak orang dalam waktu yang relative lama di madrasah, sering menggunakan fasilitas tempat ibadah ini.

Namun seiring berjalannya waktu keinginan untuk menambah jumlah siswa madrasah pun mulai muncul. Terlebih lagi sudah 5 tahun lebih MTs Negeri 1 Batam hanya berkutat pada jumlah siswa sebanyak 700 an yang terbagi menjadi 21 rombongan belajar. Program madrasah yang menjadi penekanan pada tahun-tahun terakhir adalah pada penataan lingkungan.  Saat ini program yang dilaksanakan tersebut telah menunjukkan hasil yang cukup memuaskan meskipun harus terus ditingkatkan lagi. Keinginan untuk menambah siswa karena tuntutan masyarakat yang sangat tinggi tentu membawa resiko tersendiri.

Masjid Baitul Ilmi MTs Negeri 1 Batam yang tadinya mampu menampung 750 orang  tentu tidak akan muat lagi jika siswa bertambah. Renovasi masjid sudah menjadi keharusan ketika penambahan siswa akan dilaksanakan. Maka berdasarkan rapat majelis guru, pegawai, dan komite madrasah, dihasilkan keputusan untuk melakukan pembangunan  masjid tahap II di lantai 2. Pembangunan masjid dilakukan secara bertahap. Setelah panitia terbentuk, program yang pertama dilakukan adalah pelelangan tiang masjid sebanyak 32 buah. Alhamdulillah, ketika ada yang ingin menolong Agama Allah SWT, maka sangat mudah bagi-Nya untuk menggerakkan hati manusia. Dalam waktu singkat hasil lelang tiang masjid untuk lantai 2 dapat terpenuhi. Saat ini tinggal menunggu pengerjaan karena ada bagian propil tiang masjid yang harus dipesan di tempat lain. Semoga yang telah berinfak  untuk pembangunan masjid menjadi amal jariyah. Amin.